尽管根据《中美望厦条约》和中英、中法间关于片面最惠国待遇的约定,清廷于道光廿六年(公元1846年)正月(公历1月25日)下诏正式弛禁天主教,和天主教同源的新教各教派也同时利益均沾,从而结束了自康熙朝起,长达120年的教禁,但由于传统观念和历史惯性,天主教、基督教在中国的传播仍然受到很大阻力,即便在进入很早、基础较深厚的华南,甚至开放程度最高的广州,普通中国人信教也会遭到周围同胞的孤立、歧视,士大夫阶层就更不用说了(伦敦布道会记载,他们在上海九年才发展了21个中国信徒)。当时在中国传教的各派传教士,几乎无一例外地在笔记、报道中谈及传教之艰难,他们不得不采用诸如免费医疗、甚至给信教者并参加教会工作者提供工资等办法拓展信众,如后来做到美国政府驻华首席代表的伯驾(Peter Parker),当时就是住在广州的“医疗传教士”。其中一些较有胆识和创意者,则另辟蹊径,借鉴华南盛行的地下社团方式,试图向内地、向社会底层扩展,如著名的普鲁士传教士郭士立(Karl Friedrich August Gützlaff,新教荷兰布道会),在1844年开始建立“汉会”,通过这个独立于既有教会之外、以中国人向中国人布道的团体,向南中国各内地城乡扩张,汉会自己在香港公布的报告称,1845年该会有会众210人,1849年有1800人,在两广地区1846年起就有13个“会”,其中广东7个(广州、肇庆、潮州、韶州、高州、廉州、雷州),广西6个(桂林、柳州、梧州、浔洲、南宁、太平)。
最早提到太平天国运动“似乎具有基督教色彩”的,是香港《中国陆上之友》(The Overland Friend of China)1851年3月的报道,这引发了各派基督教传教士的浓厚兴趣。5月23日该报援引传闻,称太平天国的“皇帝”是明朝后裔,信奉基督教,正在所到之处大肆破坏偶像和寺庙,并评述称“这种说法似乎有一定可靠性,但也不排除清廷构陷可能,因为在中国社会信奉基督教会被普遍认为是汉奸”。当时由美国传教士卫三畏(S.W.Wiliams)主办的澳门《中国丛报》(Chinese Repository)对太平天国运动中的基督教色彩进行了持续跟踪和研究,并根据内地信徒的道听途说,作出“造反者可能是‘汉会’信徒”的结论。
在这期间,并非没有较准确的信息。洪秀全的宗教老师罗孝全1852年10月6日曾致书新教华人教会Chinese evangelization,首次证实了洪秀全曾在自己教会学习的历史(1846年),他在此后发表于前述英文报刊和《北华捷报》(North China Herald)上的一系列文章,指出上帝会使用的《圣经》不是郭士立译本,上帝会不是“汉会”分支等。但最初这位“洪秀全老师”的身份受到同行质疑(罗孝全脾气古怪,当时和浸信会关系紧张),1854年7月随英国使团访问天京的英政府翻译密迪乐(Thomas Thaylor Meadows)甚至在亲耳听到太平天国官员郑重其事寻找“罗孝全罗先生”时,误认为对方说的是英国医生传教士合信(Benjamin Hobson),因为太平天国和当时许多清方官员一样,把英国和美国混为一谈,将罗孝全说成英国人。
1853年,洪秀全族弟洪仁玕逃到香港,受到瑞典传教士韩山文(Theodore Hamberg),英国传教士艾约瑟(Joseph Edkins)、杨笃信(Griffith John)、慕威廉(William Muirhead)、麦都思(Walter Henry Medhurst,著名汉学家,号墨海老人,儿子是后来在太平天国外交史上名气不小的英国驻上海领事麦华陀Sir Walter Henry Medhurst)。这些人向熟知太平天国、尤其上帝会内情的洪仁玕了解了许多上帝会和太平天国的真实情况,由韩山文根据洪仁玕口述整理出版的《太平天国起义记》(The Vision of HUNG-Siu-tshuen and Kwang –sio Insurrection),成为太平天国前期西方了解上帝教和太平军的“敲门砖”。